Характерной особенностью программы Тонус является возможность одновременного присутствия в рабочем поле нескольких независимых окон, в каждом из которых может находиться другое сечение. Активизация окон выполняется или с помощью закладок, расположенных в левом нижнем углу рабочего поля, или указанием курсора на окно. Управление всеми окнами осуществляется из одной инструментальной панели. Установленные в панели операции, выполняются только в текущем активном окне.
Если в меню Вид активна опция Журнал, то в левом нижнем углу рабочего поля появляются закладки с именами файлов сечений, загруженных в окна рабочей среды. Указание курсором на эту закладку активизирует соответствующее окно.